SMA Negeri Pati didirikan pada tahun 1989 sebagai alih fungsi dari SGO ( Sekolah guru olahraga) berdasarkan SK Mendikbud RI No. 04321989, berlokasi di desa puri kecamatan Pati.
Kabupaten Pati tepatnya di jlan Panglima Soedirman 6A, telepon (0295) 381279.
Sejak berdiri pada tahun 1989, SMA Negeri 3 Pati telah meluluskan 22 angkatan , berdasarkan hasil penilaian dari badan akreditasi nasional, SMA Negeri 3 Pati telah mendapatkan nilai A plus.
Berikut adalah daftar nama Kepala Sekolah yang pernah menjabat di SMA Negeri 3 Pati sejak berdiri pada tahun 1989:
1. Drs. Waluyo Sunarso
2. Drs. Gagak Waluyo
3. Drs. Roeswatmadi
4. Drs. Edi Purwanto
5. Drs. Djumiati, M.Pd
6. A.Zainal Arifin, M.Pd
7. Drs Suparno HS,MM
8. SuhartonoS.Pd., M.Pd
9. Drs. Sumaryo, M.Pd
10. Drs. Moh Yamin, M.Pd
11. Drs. Sudarto,M.Pd